Выявлен генетический профиль наиболее агрессивного рака почки / Моя Россия (#Моя Россия, Моя Россия) :: наука :: фэндомы

наука ...#Моя Россия фэндомы 

Выявлен генетический профиль наиболее агрессивного рака почки


В том числе гены, связанные со свёртыванием крови. Это открывает возможность использования антикоагулянтов в онкотерапии. 

Исследователи из НИУ ВШЭ определили гены, связанные с развитием наиболее агрессивного подтипа светлоклеточного рака почки. Изучив образцы опухолей 456 пациентов, научный сотрудник Международной лаборатории биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ Григорий Пузанов определил подтипы рака с неблагоприятными и благоприятными прогнозами. Исследование опубликовано в журнале Scientific Reports. 

Светлоклеточный рак — наиболее распространённый подтип рака почки. По статистике, после пяти лет лечения в живых остаются 60–70 пациентов из 100, при этом за последние десятилетия число новых случаев заболевания увеличилось. Несмотря на большой накопленный объём данных, информация о генах человека, позволяющих прогнозировать течение болезни, изучена не полностью. 

Исследователь из НИУ ВШЭ Григорий Пузанов провёл аналитическую работу по поиску опасных подтипов рака и ключевых генов, отвечающих за развитие болезни. Новая информация позволит выявлять агрессивные опухоли на ранней стадии и будет полезна при разработке персонализированных методов лечения.

Для анализа было взято 456 образцов опухолей из Атласа генома рака (TCGA), для которых не проводилась лучевая или фармакотерапия. Подтипы рака выделялись с помощью метода k-средних, когда выборку делят на подгруппы со схожими свойствами. Основой для применения метода стала информация о 2000 генах с наиболее меняющейся экспрессией при светлоклеточном раке почки. 

Экспрессия — это процесс, в ходе которого ген считывается, формируется его копия в виде матричной РНК и затем эта копия используется для синтеза белка.

Биоинформатический алгоритм на каждом этапе (100 повторов) сортировал образцы опухолей по схожести экспрессии этих 2000 генов. В результате было выделено три кластера (подтипа) с разной выживаемостью пациентов. Для обнаруженного кластера с худшей выживаемостью характерно наличие метастазов и наиболее плохой ответ на последующую терапию.

Исследование проводилось в несколько этапов. На первом изучались особенности каждого из кластеров. Это позволило понять, какие генетические причины могут влиять на развитие болезни. Затем были выявлены гены, характерные для кластеров, отвечающих за высокую и низкую выживаемость, и построена сеть взаимодействий для белков, синтез которых кодируют эти гены.

Estimated survival functions
a
RNA seq ccRCC Dartaset [2000 genes x 456 samples]
200
400
600
800
1000
1200
1400
1600
1800
2000
50	100	150	200	250	300	350	400	450
Cluster 1
Cluster 2	Cluster 3
KMeans clustering
pathologic_M
IIMII l■■llll^^lllllll
	
n

Кластеризация методом k-средних образцов ccRCC из базы данных TCGA Grigory Puzanov / Scientific Reports

В результате были обнаружены ключевые гены, кодирующие белки с наибольшим количеством связей в построенной сети взаимодействий. Так, в подгруппе, связанной с низкой выживаемостью человека, оказались гены MFI2CPAPOBENAM. Они участвуют в регуляции транспорта инсулиноподобного фактора роста (белка, по структуре похожего на инсулин) в клетке и посттрансляционной модификации белков. ​​Также в число ключевых попали гены, кодирующие цепи фибриногена и протромбина, связанные с процессами свертывания крови в организме человека: FGAFGG и F2.

Некоторые из этих ключевых генов могут определять эффективность применения противоопухолевых препаратов. Например, повышенная активность генов CPFGA и FGG связана с отсутствием эффекта от лекарства ниволумаб, а APOB и ENAM — от препарата сунитиниб. Зная это, специалисты могут подобрать наиболее эффективное лечение для пациентов со злокачественной опухолью.

Моя Россия,#Моя Россия, Моя Россия,фэндомы,наука

Григорий Пузанов 
Научный сотрудник Международной лаборатории биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ

По мнению исследователя, сочетание традиционных противоопухолевых препаратов и антикоагулянтов, способствующих медленному свертыванию крови, может повысить эффективность лечения. Так, уже есть доказательства, что гепарин, использующийся для лечения тромбозов, приводит к увеличению выживаемости и снижает риск возникновения метастазов.

Сурс


Подробнее
Estimated survival functions a RNA seq ccRCC Dartaset [2000 genes x 456 samples] 200 400 600 800 1000 1200 1400 1600 1800 2000 50 100 150 200 250 300 350 400 450 Cluster 1 Cluster 2 Cluster 3 KMeans clustering pathologic_M IIMII l■■llll^^lllllll n primary_lymph_node_presentation_assessment : ■i pathologic_stage Survival Analysis M1 (37) MX(31) ■ NA(2) 1(299) 2(126) Clusters Pathologic M 260(4 ^6-02) 99 (9.96-01) 27 (4.76-01) 15 (1.0e+00) 21 (9.4e-05) 1 (1.0e+00) 22 (3.3e-01) 6 (9.0e-01) 3 (3.56-01) 2 (1.06+00) 0 (1.06+00) 0 (1.06+00) 3(31) 10 6 5 4 3 2 1 0 -1 -2 -3 -4 3 2 MX YES NO NA U [Discrepancy] Stage IV Stage III Stage II Stage I

Моя Россия,#Моя Россия, Моя Россия,фэндомы,наука
Еще на тему
Развернуть
Странно что это здесь ещё не запостили
Youer Youer 16.11.202204:12 ответить ссылка -0.7
Ну это ведь ещё не лекарство, поэтому наверное не постили.
Лекарство от рака.. ну да ну да, мечтайте. Тоже самое как найти способ остановить термодинамику.
Mjoo Mjoo 16.11.202215:14 ответить ссылка -2.2
Если честно, то выглядит он не очень агрессивно.
L_S_ L_S_ 16.11.202214:47 ответить ссылка 1.8
Ты че пёс?
на Шелдона похож)
Только зарегистрированные и активированные пользователи могут добавлять комментарии.
Похожие темы

Похожие посты
iini«iiíiii>ill,IM>ltlll‘‘ll*ll>l,>>1- М11111IIIH•••111M M11111 п27 марта 2018 21:07 Ася Емельянова Европа открывает новые горизонты с Россией: Москва вошла в элитный научный клуб В Подмосковье может появиться мощный синхротрон последнего поколения. Это стало возможным в том числе благодаря важному событию, которое произошло в Париже. Россия теперь полноправны
подробнее»

Моя Россия,#Моя Россия, Моя Россия фэндомы наука

27 марта 2018 21:07 Ася Емельянова Европа открывает новые горизонты с Россией: Москва вошла в элитный научный клуб В Подмосковье может появиться мощный синхротрон последнего поколения. Это стало возможным в том числе благодаря важному событию, которое произошло в Париже. Россия теперь полноправны